《马关条约》中允许日本在通商口岸开设工厂，这一条款反映的本质问题是

允许开设工厂标志着列强对华经济侵略由商品输出为主转向资本输出为主，反映了帝国主义侵略的新阶段，并严重阻碍中国民族工业发展。D项错误，中国自然经济在甲午战争后开始进一步解体，但并未完全解体。