在“一国两制”实践中，中央对香港、澳门特别行政区行使全面管治权，其根本依据是

中央对特别行政区拥有全面管治权，其法理基础在于宪法和特别行政区基本法。宪法是国家的根本法，特别行政区制度是根据宪法制定的，基本法是实行“一国两制”的法律载体。A、C项错误，特别行政区是中国的一部分，其权力来源于国内法而非国际法；D项错误，特别行政区立法机关制定的法律不得同宪法和基本法相抵触，且不能成为中央行使权力的依据。